铁路：京九客专将衔接厦深铁路
在综合交通方面，《规划》提出近期(2014-2017年)、中期(2018-2020年)将以常规公交为主，积极推进快速公交建设，提高公交出行比例；远期(2021-2030年)积极推进大运量轨道交通建设。
在铁路方面，环大亚湾新区目前只有惠大铁路和去年底刚开通的厦深铁路，根据《惠州市轨道交通规划修编》，规划年度还有广汕铁路、京九客运专线等铁路引入。京九客专惠州段将经惠阳平潭向南跨莞惠高速公路，至沙田镇转向西跨惠大铁路后与厦深铁路惠州南站衔接，近期利用厦深铁路至深圳东，远期沿厦深铁路北侧至深圳东。
而未来将建的广汕铁路(广州至汕尾)也将经过环大亚湾新区，其中广汕铁路惠州境内线路长度约129.1km，将穿过惠阳和惠东。
城轨：4条线途经环大亚湾新区
此外，在城际轨道方面，连接惠城与深圳的深惠城际有两套方案，即沿惠大通道(东线方案)和沿国道G205方案(西线方案)。由于西线方案已与深圳市轨道交通规划协调好，且直接沟通惠城和深圳城市中心，将作为深惠城际主通道，东线则作为辅助通道连接惠城和惠阳，近期利用厦深铁路至深圳，远期利用京九客专至深圳。
规划还提出，惠阳至惠东城轨将主要承担惠阳与惠东间的城际客流，并与深惠城际(东线)和广汕铁路形成惠州、惠阳、惠东的环形线路。惠阳至惠东城轨线路始于厦深铁路惠州南站，沿省道S356途经沙田镇、白花镇至惠东，接广汕铁路惠东北站，兼城市轨道功能，线路全长约39.0km。
此外，始于莞惠城轨汽车南站的城市轨道交通4号线，主要加强东部马安、平潭和惠东与惠城间联系，拉开城市发展骨架，引导城市向东发展。城市轨道交通6号线则主要服务惠阳和大亚湾等片区，计划与深圳14号轨道线路对接，并与厦深铁路、京九客运专线、深惠城际(东线)和惠阳惠东城际实现换乘衔接。
