目前还有许多制药企业，使用的都是蒸汽式热风循环烘箱和远红外线热风循环烘箱。因能耗大，效率低，对工作环境影响大(温湿度和粉尘)，近几年逐渐被微波热风循环烘箱灭菌机所取代。微波热风循环烘箱灭菌机，以能耗低、效率高、对环境影响小等特点，被越来越多的企业所采用。微波灭菌热风循环烘箱机在前处理阶段、主要有3项功能：热风循环烘箱、灭菌、破壁。
微波加热的原理：一是通过“介电损耗”(介电加热)。具有永久偶极的分子在2 450 MHz的电磁场中所能产生的共振频率极高，使分子超高速旋转，动能迅速增加，从而导致温度升高;二是通过离子传导。离子化的物质在超高频电磁场中以超高速运动，因摩擦而产生热效应。极性分子(主要是水分子)加热汽化后被设备上的轴流风机抽走，物料被热风循环烘箱。
微波灭菌的原理：微波杀菌是微波的热效应和生物效应共同作用的结果。微波对细菌热风循环烘箱的热效应是使蛋白质变性，使细菌失去营养、繁殖和生存的条件而死亡;生物效应是微波电场改变细胞膜断面的电位分布，影响细胞周围电子和离子浓度，从而改变细胞膜的通透性能，细菌因此营养不良，不能正常新陈代谢，细菌结构功能紊乱，生长发育受到抑制而死亡。此外，决定细菌正常生长和稳定遗传繁殖的核酸(RNA)和脱氧核糖酸(DNA)，是由若干氢键紧密连接而成的卷曲形大分子。足够强的微波场可以导致氢键松弛、断裂和重组，从而诱发遗传基因突变，或染色体畸变，甚至断裂。微波灭菌热风循环烘箱机就是利用微波的上述功能达到灭菌的目的。根据微波灭菌的原理，对灭菌后的物料进行菌检时要注意时间热风循环烘箱，间隔时间过短会使受损的细菌细胞得到修复，使检验结果失真。
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